ಶೇಕ್-ಫ್ಲಾಸ್ಕ್ ಕಲ್ಚರ್ ಮಾಡುವಿಕೆಯು ಮೇಲ್ಮೈ ಕೃಷಿಗಿಂತ ಭಿನ್ನವಾಗಿದೆ, ಅಲ್ಲಿ ಜೀವಕೋಶಗಳು ಹೆಚ್ಚಿನ ಆಮ್ಲಜನಕದ ಸಾಂದ್ರತೆಗೆ ನೇರವಾಗಿ ಒಡ್ಡಿಕೊಳ್ಳುತ್ತವೆ. ಶೇಕ್-ಫ್ಲಾಸ್ಕ್ ಸಂಸ್ಕೃತಿಗಳಲ್ಲಿ, ಸೂಕ್ಷ್ಮಾಣುಜೀವಿಗಳು ಸಂಸ್ಕೃತಿಯ ಸಾರುಗಳಲ್ಲಿ ಅಮಾನತುಗೊಂಡಿರುವುದರಿಂದ ಜೀವಕೋಶಗಳು ಕಡಿಮೆ ಆಮ್ಲಜನಕದ ಸಾಂದ್ರತೆಗೆ ಒಡ್ಡಿಕೊಳ್ಳುತ್ತವೆ.